A la date du 25 mars, Madagascar (25 millions d'habitants) avait enregistré 19 cas officiels de Covid-19 (premier 3 cas officiels le 20 mars), principalement de passagers qui avaient voyagé dans le pays depuis la France la semaine précédente avant que tous les vols à destination et en provenance de l'île ne soient suspendus le 20 mars. Le 23 mars, le gouvernement a déclaré l'état d'urgence national et imposé des restrictions de mouvement dans la capitale Antananarivo (2 millions d'habitants) et le deuxième plus grand centre urbain Tamatave. Le gouvernement a également créé un centre de commandement national chargé de coordonner la réponse globale, sous la direction du ministre de l'Intérieur et en collaboration avec le ministère de la Santé et l'OMS. Les principaux défis sont notamment en termes d’infrastructures de santé déjà extrêmement faible dans l'un des pays les plus pauvres du monde. Ces infrastructures sont très mal équipées pour relever un défi aussi énorme. 

La stratégie nationale de lutte contre la COVID19 s’articule autour de 3 principaux éléments : a) Prévenir la propagation du virus ; b) Optimiser la prise en charge des personnes atteintes ; c) Assurer la continuité des affaires publiques et privées et intégrer la lutte contre le covid-19 dans l’administration des affaires publiques et privées.

En 2020, le PNUD a accompagné le pan national de riposte à la COVID19 dans les domaines suivants : 

1. Appui à la mise en place des systèmes de santé résilients ; 
2. Promouvoir une gestion de la crise inclusive et intégrée et des réponses multisectorielles ; 
3. Aider le pays à faire face à l'impact socio-économique du COVID19.

En 2021, l’accent sera mis sur :

1. le renforcement de la bonne gouvernance du système de santé ; 
2. le renforcement des capacités de prise en charge des structures sanitaires et 
3. le renforcement du relèvement socioéconomique et environnemental des populations, notamment les plus vulnérables.